北京大学科学技术与医学史系成立于2018年11月，2019年4月正式揭牌。本系是在原有科学技术史和医学史学科点的基础上，以科学文化研究院的成立为契机，整合而成的教学和科研基本单位。首任系主任为韩启德院士。

科学技术与医学史系开设本科生通识课程与辅修学位、科学史学科研究生专业课程，培养硕博研究生，引导学生从历史、文化的视角探讨当代科技前沿对社会和文化的影响，启发学生对科学精神、科学本身的价值及其人文价值的深入思考，并为解决现代问题提供参照。

科学技术与医学史系的学科建设以中国近现代科学技术史与医学史、世界科学技术史与医学史为基础，形成科学合理的专业布局，发展出具有北大特色的科学史研究风格，从建制上提升科学史一级学科点的整体实力，致力于建成世界范围内最重要的科学史研究平台之一。

北京大学科学技术史学科具有悠久的历史。1925年北大出版部出版化学系丁绪贤著《化学史通考》，是现代中国最早的科技史著作。1937年曾就职于北大医学院前身的李涛受中华医史学会委托，编写《医学史纲》作为全国医学院的教材并于1940年出版，是我国第一部医学史教材。1946年李涛在北医创立“医史学科”，是我国最早的医学史教研机构。1952年北大物理系招收新中国首位物理学史研究生。1956年北医与中医研究院共同承办卫生部全国医史高级师资班，培养了我国第一批医学史师资。1977年北大哲学系面向全校开设科学技术史课程。1978年北医获医学史硕士学位授予权，1983年北大化学系招收首届化学史硕士研究生。1986年北大获得自然科学史（物理学史和化学史）硕士学位授予权，在研究成果、人才培养等多方面开时代之先。1990年北医获得医学史博士学位授予权，是全国唯一医学史博士学位授权点。2004年经过整合全校科技史师资力量，获科学技术史一级学科博士授予权。

2018年11月北京大学正式批准成立科学技术与医学史系暨科学文化研究院，开启了整合资源、发展科学技术和医学史学科的新篇章。在新的时代、新的征程中，科学技术与医学史系将以科学史为学科基础、科学文化研究为科研平台，通过关注科学、医学和技术等人类活动的过去、现在与未来，提升当代人对科学、对当代社会与文化的理解；促进科学精神和人文精神的融合贯通，探索科学与社会和谐发展的道路。